軟物質(zhì)生物分子物理基礎(chǔ)

目錄
序言
前言
第1章 什么是軟物質(zhì)？ 1
1.1 膠體 1
1.2 非牛頓體 3
1.3 晶狀體.4
1.4 肥皂泡.5
1.5 分子聚合物 6
1.6 小結(jié) 7
1.7 課后練習(xí) 7
延展閱讀 7
參考文獻(xiàn) 10
第2章 蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu) 11
2.1 氨基酸 11
2.2 肽鍵與主鏈 14
2.3 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu) 16
2.3.1 螺旋結(jié)構(gòu) 16
2.3.2 β折疊結(jié)構(gòu) 18
2.3.3 常見折疊類型 19
2.4 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu) 20
2.5 穩(wěn)定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的物理相互作用 21
2.5.1 共價鍵 21
2.5.2 靜電相互作用 22
2.5.3 極性相互作用 22
2.5.4 非極性相互作用 22
2.5.5 金屬離子作用 23
2.5.6 水分子相互作用 24
2.6 小結(jié) 24
2.7 課后練習(xí) 24
延展閱讀 25
參考文獻(xiàn) 28
第3章 核酸分子結(jié)構(gòu) 30
3.1 主鏈結(jié)構(gòu) 30
3.2 堿基與配對 31
3.3 螺旋與柔性 33
3.4 RNA結(jié)構(gòu) 35
3.4.1 RNA與DNA結(jié)構(gòu)的不同 35
3.4.2 RNA結(jié)構(gòu)模體 36
3.5 核酸–蛋白質(zhì)復(fù)合物 39
3.6 金屬離子效應(yīng) 40
3.7 小結(jié) 42
3.8 課后練習(xí) 42
延展閱讀 43
參考文獻(xiàn) 46
第4章 分子動力學(xué)模擬 48
4.1 動力學(xué)模擬 48
4.2 小結(jié) 56
4.3 課后練習(xí) 56
延展閱讀 57
參考文獻(xiàn) 59
第5章 結(jié)構(gòu)預(yù)測 61
5.1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 61
5.1.1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法 61
5.1.2 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測實例 63
5.2 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測 66
5.2.1 同源建模法 67
5.2.2 穿線建模法 70
5.2.3 從頭預(yù)測法 73
5.3 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 74
5.3.1 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法 74
5.3.2 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測實例 76
5.4 RNA三級結(jié)構(gòu)預(yù)測 78
5.4.1 RNA構(gòu)象生成 78
5.4.2 RNA預(yù)測結(jié)構(gòu)評估 80
5.5 基于人工智能的結(jié)構(gòu)預(yù)測 84
5.6 小結(jié) 87
5.7 課后練習(xí) 87
延展閱讀 88
參考文獻(xiàn) 92
第6章 分子對接 96
6.1 鎖鑰模型 96
6.2 復(fù)合物分子標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集 98
6.3 復(fù)合物結(jié)構(gòu)采樣 102
6.4 復(fù)合物結(jié)構(gòu)評估 104
6.4.1 RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)評估方法 104
6.4.2 RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)評估實例 108
6.5 基于人工智能的復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測 110
6.6 小結(jié) 111
6.7 課后練習(xí) 112
延展閱讀 112
參考文獻(xiàn) 113
第7章 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模型 116
7.1 網(wǎng)絡(luò)的基本概念 117
7.2 網(wǎng)絡(luò)的基本特征 122
7.2.1 網(wǎng)絡(luò)局部特征 122
7.2.2 網(wǎng)絡(luò)全局特征 125
7.3 分子內(nèi)相互作用網(wǎng)絡(luò)與預(yù)測 130
7.3.1 直接耦合分析模型 131
7.3.2 直接耦合分析預(yù)測蛋白質(zhì)分子內(nèi)相互作用 137
7.4 動力學(xué)網(wǎng)絡(luò)分析 142
7.4.1 分子動力學(xué)模擬與研究體系 143
7.4.2 從動力學(xué)模擬到動力學(xué)網(wǎng)絡(luò) 144
7.4.3 動態(tài)互相關(guān)矩陣 145
7.4.4 動力學(xué)網(wǎng)絡(luò)社區(qū)劃分 146
7.4.5 *優(yōu)路徑和次優(yōu)路徑識別 149
7.5 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的生物分子復(fù)合物相互作用位點預(yù)測 150
7.5.1 問題背景 150
7.5.2 模型搭建 151
7.5.3 研究結(jié)果 154
7.6 小結(jié) 155
7.7 課后練習(xí) 156
延展閱讀 157
參考文獻(xiàn) 160
《21世紀(jì)理論物理及其交叉學(xué)科前沿叢書》已出版書目 163