CRISPR分子診斷技術(shù)原理及應(yīng)用

緒論/1
一、CRISPR/Cas系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)/1
二、CRISPR/Cas系統(tǒng)的組成與分類/2
三、CRISPR/Cas系統(tǒng)在分子診斷中的應(yīng)用/3
四、CRISPR分子診斷技術(shù)的研究熱點(diǎn)及發(fā)展方向/4
上篇CRISPR分子診斷技術(shù)
第一章CRISPR/Cas蛋白作用原理與應(yīng)用/8
第一節(jié)CRISPR/Cas蛋白分類與功能/8
一、1類CRISPR/Cas蛋白/9
二、2類CRISPR/Cas蛋白/10
第二節(jié)CRISPR分子診斷技術(shù)應(yīng)用/15
一、CRISPR分子診斷技術(shù)工作原理/15
二、CRISPR分子診斷體系/18
第二章CRISPR技術(shù)與核酸現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè)/27
第一節(jié)智能手機(jī)CRISPR技術(shù)/27
一、技術(shù)原理/27
二、技術(shù)方法/29
第二節(jié)基于環(huán)介導(dǎo)恒溫?cái)U(kuò)增/側(cè)向流層析的CRISPR技術(shù)/31
一、技術(shù)原理/31
二、技術(shù)方法/31
第三節(jié)基于重組酶聚合酶恒溫?cái)U(kuò)增/側(cè)向流層析的CRISPR技術(shù)/32
一、技術(shù)原理/32
二、技術(shù)方法/33
第四節(jié)可穿戴的CRISPR診斷裝備/34
一、技術(shù)原理/34
二、技術(shù)方法/35
第五節(jié)CRISPR分子診斷一體機(jī)快檢系統(tǒng)/36
一、SmartRanger一體機(jī)/36
二、BG-Nova-X8一體機(jī)/37
第三章CRISPR多重檢測(cè)技術(shù)/40
第一節(jié)單管多重CRISPR分子檢測(cè)/40
一、單管四重CRISPR分子檢測(cè)/40
二、單管雙重CRISPR分子檢測(cè)/41
三、恒溫?cái)U(kuò)增聯(lián)合CRISPR分子雙重檢測(cè)/42
第二節(jié)多反應(yīng)容器多重CRISPR分子檢測(cè)/43
一、基于并聯(lián)反應(yīng)管的多重CRISPR分子檢測(cè)/43
二、微流控多重CRISPR分子檢測(cè)平臺(tái)/44
三、紙基微流控多重CRISPR分子檢測(cè)/44
四、全自動(dòng)多重CRISPR分子檢測(cè)/45
五、CARMEN微流控CRISPR分子檢測(cè)平臺(tái)/45
第四章免核酸擴(kuò)增CRISPR分子診斷/48
第一節(jié)免核酸擴(kuò)增檢測(cè)技術(shù)/48
一、Cas9免核酸擴(kuò)增檢測(cè)/48
二、Cas12免核酸擴(kuò)增檢測(cè)/51
三、Cas13免核酸擴(kuò)增檢測(cè)/54
四、多重CRISPR/Cas系統(tǒng)級(jí)聯(lián)法檢測(cè)/59
第二節(jié)免核酸擴(kuò)增CRISPR分子診斷技術(shù)的應(yīng)用/61
一、液滴微流控定量檢測(cè)方法/61
二、多條crRNA聯(lián)合檢測(cè)/63
三、基于納米金探針的免核酸擴(kuò)增檢測(cè)/65
第五章CRISPR分子診斷系統(tǒng)信號(hào)輸出/69
第一節(jié)檢測(cè)信號(hào)輸出方式/69
一、光學(xué)信號(hào)/69
二、電化學(xué)信號(hào)/73
三、側(cè)向流層析試紙條顯色/74
四、其他信號(hào)輸出方式/74
第二節(jié)CRISPR分子信標(biāo)系統(tǒng)/75
第六章CRISPR非核酸靶標(biāo)檢測(cè)技術(shù)/84
第一節(jié)離子檢測(cè)/85
第二節(jié)小分子化合物檢測(cè)/87
一、ATP檢測(cè)/87
二、抗生素檢測(cè)/90
三、代謝物檢測(cè)/90
四、三聚氰胺檢測(cè)/91
五、毒物檢測(cè)/91
第三節(jié)多糖檢測(cè)/91
第四節(jié)蛋白質(zhì)檢測(cè)/92
一、多肽檢測(cè)/92
二、蛋白標(biāo)志物檢測(cè)/94
三、γ干擾素檢測(cè)/96
四、蛋白酶檢測(cè)/96
五、酶活性檢測(cè)/97
第五節(jié)細(xì)胞檢測(cè)/98
第六節(jié)轉(zhuǎn)錄因子檢測(cè)/100
中篇CRISPR分子診斷技術(shù)應(yīng)用
第七章病原微生物檢測(cè)/106
第一節(jié)李斯特菌檢測(cè)/107
一、技術(shù)原理/107
二、技術(shù)方法/108
第二節(jié)結(jié)核分枝桿菌檢測(cè)/109
一、技術(shù)原理/109
二、技術(shù)方法/110
第三節(jié)炭疽桿菌檢測(cè)/111
一、技術(shù)原理/111
二、技術(shù)方法/112
第四節(jié)煙曲霉檢測(cè)/114
一、技術(shù)原理/114
二、技術(shù)方法/114
第八章病毒變異檢測(cè)與分型/116
第一節(jié)SARS-CoV-2變異株檢測(cè)/116
一、SARS-CoV-2變異株/116
二、基于CRISPR/Cas技術(shù)的SARS-CoV-2變異株檢測(cè)/119
三、重組酶輔助擴(kuò)增#NAME?快速檢測(cè)SARS-CoV-2Omicron
變異體/127
第二節(jié)寨卡病毒檢測(cè)及分型/134
一、寨卡病毒制備與處理/135
二、NASBA反應(yīng)/135
三、NASBACC反應(yīng)/135
第九章特殊病原體檢測(cè)/139
第一節(jié)支原體檢測(cè)/139
一、肺炎支原體檢測(cè)/139
二、人型支原體檢測(cè)/140
第二節(jié)螺旋體檢測(cè)/142
第三節(jié)諾卡菌檢測(cè)/143
一、鼻疽諾卡菌檢測(cè)/143
二、蓋爾森基興諾卡菌檢測(cè)/144
第十章腫瘤診斷/147
第一節(jié)DNA點(diǎn)突變檢測(cè)/147
一、依賴PAM的單核苷酸差異檢測(cè)/147
二、不依賴PAM的罕見點(diǎn)突變檢測(cè)/148
第二節(jié)DNA甲基化檢測(cè)/150
一、技術(shù)原理/151
二、技術(shù)方法/151
第三節(jié)腫瘤微小RNA檢測(cè)/152
一、基于Cas9的微小RNA檢測(cè)/152
二、基于Cas12a的微小RNA檢測(cè)/153
第四節(jié)腫瘤蛋白標(biāo)志物檢測(cè)/154
一、技術(shù)原理/155
二、技術(shù)方法/155
第十一章非感染性疾病診斷/158
第一節(jié)CRISPR檢測(cè)趨化因子配體mRNA/158
一、技術(shù)原理/158
二、技術(shù)方法/159
第二節(jié)CRISPR-FISH檢測(cè)線粒體DNA突變/159
一、技術(shù)原理/159
二、技術(shù)方法/160
第三節(jié)CRISPR-層析技術(shù)檢測(cè)DNA缺失突變/164
一、技術(shù)原理/164
二、技術(shù)方法/164
第四節(jié)CRISPR-酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)/165
一、技術(shù)原理/165
二、技術(shù)方法/166
第五節(jié)CPISPR-鏈置換擴(kuò)增檢測(cè)/167
一、技術(shù)原理/167
二、技術(shù)方法/169
第六節(jié)CRISPR-適配體傳感器/171
一、技術(shù)原理/171
二、技術(shù)方法/171
第十二章耐藥基因檢測(cè)/176
第一節(jié)β-內(nèi)酰胺類耐藥基因檢測(cè)/176
一、技術(shù)原理/176
二、技術(shù)方法/177
三、技術(shù)特點(diǎn)/178
第二節(jié)氨基糖苷類耐藥基因檢測(cè)/179
一、技術(shù)原理/179
二、技術(shù)方法/180
三、技術(shù)特點(diǎn)/180
第三節(jié)乙型肝炎病毒拉米夫定耐藥基因檢測(cè)/181
一、技術(shù)原理/181
二、技術(shù)方法/182
三、技術(shù)特點(diǎn)/183
第四節(jié)流行性感冒病毒奧司他韋耐藥基因檢測(cè)/183
一、技術(shù)原理/183
二、技術(shù)方法/184
三、技術(shù)特點(diǎn)/185
第五節(jié)瘧原蟲磺胺多辛耐藥基因檢測(cè)/185
一、技術(shù)原理/185
二、技術(shù)方法/186
三、技術(shù)特點(diǎn)/187
第六節(jié)肺癌靶向藥物表皮生長因子受體耐藥基因檢測(cè)/188
一、技術(shù)原理/188
二、技術(shù)方法/189
三、技術(shù)特點(diǎn)/190
第七節(jié)急性髓系白血病靶向藥物FLT3耐藥基因檢測(cè)/190
一、技術(shù)原理/190
二、技術(shù)方法/191
三、技術(shù)特點(diǎn)/192
第十三章食品安全檢測(cè)/195
第一節(jié)核酸靶標(biāo)檢測(cè)/195
一、CRISPR-光熱可視化雙模式檢測(cè)/206
二、CRISPR-G四聯(lián)體耦合技術(shù)的智能手機(jī)檢測(cè)/208
三、CRISPR-表面增強(qiáng)拉曼散射微流控檢測(cè)/211
四、CRISPR-表面增強(qiáng)拉曼散射可視化檢測(cè)/213
五、CRISPR快速鑒別清真食品/215
第二節(jié)非核酸靶標(biāo)檢測(cè)/217
一、CRISPR-適配體傳感器檢測(cè)ATP/221
二、CRISPR-上轉(zhuǎn)發(fā)光生物傳感器/222
三、CRISPR-納米鏈級(jí)聯(lián)熒光適配傳感器/224
下篇Argonaute分子診斷系統(tǒng)
第十四章Argonaute核酸酶/232
第一節(jié)Ago分類系統(tǒng)/232
一、Ago分子進(jìn)化/232
二、Ago結(jié)構(gòu)特征/233
第二節(jié)Ago催化活性與生物學(xué)功能/236
一、核酸酶活性/236
二、生物學(xué)功能/236
第三節(jié)Ago催化機(jī)制/238
一、依賴引導(dǎo)鏈剪切/238
二、不依賴引導(dǎo)鏈剪切/239
三、堿基錯(cuò)配對(duì)剪切的影響/239
四、引導(dǎo)鏈的5′端修飾對(duì)剪切的影響/240
第四節(jié)Ago基因編輯與核酸檢測(cè)/240
一、Ago基因編輯/240
二、Ago核酸檢測(cè)/241
三、Ago成像技術(shù)/249
第十五章Ago檢測(cè)腫瘤及遺傳病低豐度基因/254
第一節(jié)技術(shù)原理/255
第二節(jié)技術(shù)方法/255
第三節(jié)技術(shù)特點(diǎn)/260
第十六章Ago檢測(cè)病原體核酸/262
第一節(jié)技術(shù)原理/262
第二節(jié)技術(shù)方法/264
第三節(jié)技術(shù)特點(diǎn)/270