知菌知病：宏基因組精準(zhǔn)健康的未來

第1章　超有機(jī)體——微生物與宿主共生 1
1.1　溯古追源——新技術(shù)帶來的新發(fā)現(xiàn) 1
1.2　人體內(nèi)有多少微生物細(xì)胞？ 8
1.3　人體中的病毒微粒 14
1.4　其他物種中的微生物組 15
1.5　來自遠(yuǎn)古的微生物組 15
1.6　總結(jié) 18
第2章　微生物群落生態(tài) 21
2.1　宏觀生態(tài)學(xué)中的營養(yǎng)級 21
2.2　微生物群落穩(wěn)定性、多樣性及豐富度 22
2.3　皮膚微生物的幾種不同生境 27
2.4　影響口腔微生物的因素 29
2.5　一個穩(wěn)定的腸道菌群 32
2.6　腸型和塞倫蓋蒂法則 38
2.7　總結(jié) 41
第3章　宏基因組樣本收集 55
3.1　樣本中非微生物的部分，會影響DNA提取和測序量 55
3.2　對于糞便及生物量較低的宏基因組，要注意減少采樣過程中
每一步的污染 57
3.3　采樣后，防止微生物增殖的試劑 62
3.4　對于宏基因組樣本的DNA提取方法 63
3.5　測序量 64
3.6　分類和功能概況，以及絕對豐度 65
3.7　宏基因組關(guān)聯(lián)分析的樣本量 66
3.8　總結(jié) 69
第4章　人體中的流行病學(xué) 79
4.1　和新型冠狀病毒疫情類比 79
4.2　嬰兒腸道共生菌的來源 81
4.3　共生微生物的異位存續(xù) 82
4.4　病灶部位菌群 82
4.5　微生物組中的跨界相互作用 89
4.6　其他顯示微生物存在差異的組學(xué)數(shù)據(jù) 90
4.7　總結(jié) 94
第5章　演化中的微生物分類 102
5.1　對于常規(guī)應(yīng)用的固定參考集 102
5.2　隨著分類單元精度提升，數(shù)據(jù)變得稀疏 110
5.3　物種水平以下的微生物演化歷程 112
5.4　全細(xì)胞模型以實(shí)現(xiàn)從基因組到功能的完整預(yù)測 116
5.5　總結(jié) 118
第6章　共生微生物的疾病因果關(guān)系 124
6.1　因果推斷 124
6.2　人類微生物和疾病之間關(guān)系的當(dāng)前證據(jù)等級 129
6.3　從微生物到分子 132
6.4　總結(jié) 137
第7章　宏基因組的臨床應(yīng)用 145
7.1　疾病篩查領(lǐng)域的宏基因組研究 145
7.2　臨床實(shí)踐啟發(fā)深入研究 157
7.3　利用微生物組知識重新定義現(xiàn)有疾病分類的可能性 159
7.4　總結(jié) 161
第8章　微生物檔案描繪生命軌跡 173
8.1　在重要階段進(jìn)行前瞻性微生物采樣 173
8.2　從基因風(fēng)險(xiǎn)到疾病預(yù)防 180
8.3　總結(jié) 182
致　謝 195