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內(nèi)容簡介

　　本書從實(shí)用的角度出發(fā)介紹了如何解析蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)。全書分為6章，主要內(nèi)容包括蛋白質(zhì)結(jié)晶的方法、蛋白質(zhì)晶體衍射數(shù)據(jù)收集、蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)解析軟件的安裝和使用、蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)文件提交到PDB的步驟及使用軟件呈現(xiàn)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的方法。本書貼近實(shí)際操作，避開了各種深層次物理原理和數(shù)學(xué)知識(shí)，更多地講解了軟件操作流程與如何根據(jù)參數(shù)指標(biāo)分析蛋白質(zhì)晶體解析結(jié)果，易于具有生物科學(xué)背景的研究者理解；適用于蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)研究領(lǐng)域的初學(xué)者和具備一定實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)的研究者。

作者簡介

　　蘇紀(jì)勇，東北師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副教授。德國圖賓根大學(xué)生物學(xué)專業(yè)博士，德國馬克斯普朗克遺傳與發(fā)育研究所博士后。主要研究與糖類相互作用的蛋白質(zhì)，包括半乳糖凝集素家族、C型凝集素、糖苷水解酶和糖苷轉(zhuǎn)移酶等。

圖書目錄

第一章蛋白質(zhì)結(jié)晶前準(zhǔn)備
第一節(jié) 目的蛋白質(zhì)信息檢索與調(diào)查
第二節(jié) 質(zhì)粒制備
第三節(jié) 蛋白質(zhì)純化
第四節(jié) 蛋白質(zhì)不表達(dá)和包涵體問題
第五節(jié) 蛋白質(zhì)活性鑒定
第六節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)晶前分析
第二章蛋白質(zhì)結(jié)晶與衍射數(shù)據(jù)收集
第一節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)晶
第二節(jié) 蛋白質(zhì)晶體衍射數(shù)據(jù)收集
第三章蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)解析軟件安裝
第一節(jié) Linux系統(tǒng)安裝
第二節(jié) 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)解析軟件安裝
第四章 Index、integrate與scale
第一節(jié) 一些晶體結(jié)構(gòu)學(xué)知識(shí)
第二節(jié) 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)解析流程
第三節(jié) Index和integrate
第四節(jié) Scale
第五節(jié) 使用XSCALE功能進(jìn)行scale
第六節(jié) 使用HKL2000進(jìn)行index、integrate和scale
第五章分子置換、構(gòu)建優(yōu)化與結(jié)構(gòu)提交
第一節(jié) 分子置換
第二節(jié) 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)建
第三節(jié) 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)優(yōu)化
第四節(jié) 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)驗(yàn)證
第五節(jié) 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)提交到PDB
第六章蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)展示
第一節(jié) pdb格式文件簡介
第二節(jié) PyMOL制作蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)圖
第三節(jié) 使用PyMOL制作蛋白質(zhì)配體結(jié)合位點(diǎn)的信息
第四節(jié) 使用PyMOL調(diào)查蛋白質(zhì)的溫度因子B-factors
第五節(jié) 使用PyMOL重疊對比不同的蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)
第六節(jié) 使用PyMOL顯示蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)中配體的電子密度圖
第七節(jié) PyMOL結(jié)合Chimera實(shí)現(xiàn)同時(shí)顯示非對稱單元的蛋白質(zhì)分子
參考文獻(xiàn)