蘋果抗炭疽菌葉枯病基因的分子標(biāo)記及遺傳定位

第一章文獻綜述（）
第一節(jié)蘋果炭疽菌葉枯病的發(fā)生與為害（）
一、蘋果炭疽菌葉枯病的為害癥狀（）
二、蘋果炭疽菌葉枯病的病原（）
三、蘋果炭疽菌葉枯病的侵染規(guī)律（）
第二節(jié)植物與病原微生物互作的機制（）
一、植物對病原微生物侵染的基礎(chǔ)抗性(PTI)（）
二、病原微生物對PTI的抑制（）
三、植物對病原微生物的基因?qū)蚩剐?ETI)（）
四、抗病分子機理研究對作物抗病育種的影響（）
第三節(jié)抗病基因的分子鑒定方法（）
一、近等基因系法（）
二、分離群體分組分析法（）
第四節(jié)分子標(biāo)記技術(shù)研究進展（）
一、分子標(biāo)記概述（）
二、分子標(biāo)記的種類（）
三、分子標(biāo)記在蘋果上的應(yīng)用（）
第五節(jié)研究目的與意義（）
第二章蘋果對炭疽菌葉枯病抗性遺傳的研究（）
第一節(jié)材料與方法（）
一、植物材料（）
二、供試病菌（）
三、試驗方法（）
第二節(jié)結(jié)果與分析（）
一、不同蘋果品種（系）對炭疽菌葉枯病的抗性表現(xiàn)（）
二、蘋果F1植株對炭疽菌葉枯病抗性表現(xiàn)及抗性遺傳
規(guī)律分析（）
三、蘋果雜交親本及后代對炭疽菌葉枯病抗性的基因型
推測（）
第三節(jié)討論與小結(jié)（）
第三章蘋果抗炭疽菌葉枯病基因的SSR標(biāo)記篩選及遺傳
定位（）
第一節(jié)材料與方法（）
一、植物材料（）
二、DNA的提取及檢測（）
三、抗感 DNA 池的構(gòu)建（）
四、SSR分子標(biāo)記的篩選與開發(fā)（）
第二節(jié)結(jié)果與分析（）
一、基因組DNA的檢測（）
二、抗性基因的分子標(biāo)記篩選（）
三、遺傳距離計算和抗性基因位點連鎖圖譜構(gòu)建（）
四、SSR標(biāo)記的測序分析（）
第三節(jié)討論與小結(jié)（）
第四章基于WGR技術(shù)開發(fā)與蘋果抗炭疽菌葉枯病基因
相關(guān)聯(lián)的SNP、Indel標(biāo)記及抗病候選基因的鑒定（）
第一節(jié)材料和方法（）
一、植物材料（）
二、DNA、RNA的提取，cDNA的合成及抗感池的構(gòu)建（）
三、文庫構(gòu)建及庫檢（）
四、上機測序（）
五、生物信息分析流程（）
六、原始數(shù)據(jù)的獲得與處理（）
七、與參考序列的比對（）
八、SNP和InDel的檢測及注釋（）
九、SNP數(shù)據(jù)統(tǒng)計（）
十、子代SNP頻率差異分析（）
十一、目標(biāo)性狀區(qū)域定位（）
十二、基因表達定量分析（）
第二節(jié)結(jié)果與分析（）
一、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量（）
二、Reads與參考基因組比對情況統(tǒng)計（）
三、SNP頻率和轉(zhuǎn)換/顛換率計算（）
四、SNP及InDel檢測及注釋（）
五、子代SNP頻率差異分布（）
六、目標(biāo)性狀區(qū)域定位（）
七、候選基因的功能預(yù)測（）
第三節(jié)討論與小結(jié)（）
第五章基因Rgls位點的精細(xì)定位及分子標(biāo)記可靠性驗證（）
第一節(jié)材料與方法（）
一、植物材料（）
二、抗感 DNA 池的構(gòu)建（）
三、SNP引物的設(shè)計（）
四、高分辨率熔解曲線分析（）
五、SNP、InDel 標(biāo)記的篩選驗證（）
六、基因Rgls位點的精細(xì)定位（）
七、基因Rgls位點區(qū)域內(nèi)的基因分析（）
八、分子標(biāo)記準(zhǔn)確性鑒定（）
第二節(jié)結(jié)果與分析（）
一、SNP及InDel標(biāo)記的篩選（）
二、SNP 及InDel 標(biāo)記的驗證（）
三、基因Rgls位點的精細(xì)定位（）
四、基因Rgls位點區(qū)域內(nèi)的基因分析（）
五、標(biāo)記在品種（系）中的鑒定（）
第三節(jié)討論與小結(jié)（）
第六章主要結(jié)論與創(chuàng)新點（）
第一節(jié)主要結(jié)論（）
一、蘋果抗炭疽菌葉枯病性狀受隱性單基因控制（）
二、蘋果抗炭疽菌葉枯病基因位點被定位于蘋果第15條
染色體上，與11個SSR標(biāo)記連鎖（）
三、利用全基因組重測序技術(shù)將Rgls基因位點快速定位在
第15條染色體上，并篩選出5個響應(yīng)炭疽菌葉枯病
病原菌誘導(dǎo)的候選基因（）
四、利用SNP 及InDel 標(biāo)記將Rgls基因位點精細(xì)定位在
58 kb的區(qū)域內(nèi)（）
五、4個與抗性基因位點緊密連鎖的分子標(biāo)記可用于
MAS（）
第二節(jié)創(chuàng)新點（）
參考文獻（）
附錄（）
附錄一DNA的提取方法（）
附錄二瓊脂糖凝膠電泳的檢測方法（）
附錄三非變性聚丙烯酰胺凝膠的制備及銀染方法（）
附錄四SSR標(biāo)記序列分析方法（）
附錄五5個候選基因編碼的氨基酸序列（）