生物信息學(xué)實(shí)踐

第一章生物信息學(xué)分析基礎(chǔ)工具與平臺(tái)配置
第一節(jié)文本編輯器
一、常用的文本編輯器
二、UltraEdit
三、Vi編輯器
第二節(jié)Linux系統(tǒng)基礎(chǔ)
一、軟件安裝
二、PATH路徑設(shè)置
三、必備Linux命令
四、Linux系統(tǒng)的輸出重定向與管道
五、中文版Linux改為英文版
六、開啟FTP服務(wù)
第三節(jié)生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室局域網(wǎng)
一、生物信息學(xué)局域網(wǎng)實(shí)例
二、遠(yuǎn)程登錄
第四節(jié)Windows系統(tǒng)下構(gòu)建本地BLAST
一、BLAST的下載安裝
二、Blast的使用
三、實(shí)例講解
參考文獻(xiàn)
第二章生物信息數(shù)據(jù)庫的使用與構(gòu)建
第一節(jié)NCBI數(shù)據(jù)庫資源
NCBI數(shù)據(jù)庫檢索
第二節(jié)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)格式
一、FASTA格式
二、FASTQ格式
三、Genebank格式
四、EMBL格式
五、采用XML實(shí)現(xiàn)生物數(shù)據(jù)庫的整合
第三節(jié)著名的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
第四節(jié)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建方法
一、Apache的安裝與啟動(dòng)
二、MySQL的安裝與配置
三、PHP的安裝與配置
四、不能安裝的情況
五、利用Windows Server搭建數(shù)據(jù)庫服務(wù)器
參考文獻(xiàn)
第三章基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)
第一節(jié)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)
一、α螺旋
二、β片層
三、β轉(zhuǎn)角
四、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
第二節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及其檢索
一、PDB數(shù)據(jù)庫檢索
二、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)格式
三、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可視化
第三節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)
一、國際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)技術(shù)評(píng)估大賽(CASP)
二、利用SWISSMODEL預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)
第四節(jié)分子對(duì)接工具Autodock
一、Autodock程序的安裝
二、小分子的來源和處理
三、大分子的處理
四、兩個(gè)參數(shù)文件（gpf和dpf）的設(shè)置
五、結(jié)果的處理
第五節(jié)分子模擬原理與工具
一、分子模擬的主要方法
二、分子模擬常見工具
第六節(jié)分子動(dòng)力學(xué)模擬工具Amber
一、生成小分子模板
二、處理蛋白質(zhì)文件
三、生成拓?fù)湮募妥鴺?biāo)文件
四、能量優(yōu)化
五、LEAP使用
六、MD過程
七、VMD的使用
八、觀看并保存圖像的步驟
九、RMS計(jì)算
十、結(jié)果數(shù)據(jù)處理
參考文獻(xiàn)
第四章轉(zhuǎn)座子的生物信息學(xué)分析
第一節(jié)轉(zhuǎn)座子的分類
一、分類級(jí)別
二、自主與非自主轉(zhuǎn)座子
三、轉(zhuǎn)座子的命名
四、轉(zhuǎn)座子的生物信息學(xué)分析
五、重復(fù)序列挖掘工具
第二節(jié)RepeatMasker和RepeatModeler
一、RepeatMasker的安裝
二、RepeatModeler的安裝
三、RepeatMasker的操作
四、RepeatMasker搜索的過程
五、兩個(gè)Perl程序
六、聯(lián)合多個(gè)重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫
七、RepeatMasker的其他參數(shù)
八、Out結(jié)果文件
九、RepeatModeler的使用
第三節(jié)LTRharvest
第四節(jié)序列去冗余
第五節(jié)Circos繪圖
一、Circos的安裝
二、Circos的顏色
三、圖像分析
四、核型文件
五、ideogram標(biāo)簽
六、連接
七、圖像輸出
八、直方圖
九、Highlights圖
十、容易出現(xiàn)的問題
參考文獻(xiàn)
第五章生物信息學(xué)資源
第一節(jié)網(wǎng)絡(luò)資源
一、在線工具鏈接Expasy
二、常用生物軟件分類與下載
三、生物信息學(xué)中文論壇
第二節(jié)期刊與機(jī)構(gòu)
一、生物信息學(xué)期刊
二、生物信息學(xué)機(jī)構(gòu)
第三節(jié)在線小工具
一、開放閱讀框查找工具ORF Finder
二、繪制GO注釋結(jié)果
三、蛋白質(zhì)組成和穩(wěn)定性分析ProtParam
四、啟動(dòng)子區(qū)預(yù)測(cè)工具Promoter
五、序列l(wèi)ogo
六、蛋白質(zhì)序列綜合分析工具PredictProte
七、信號(hào)肽
八、比較分析圖繪制工具VENNY
第四節(jié)生物信息學(xué)分析軟件
一、EMBOSS
二、EMBOSS運(yùn)行示例
三、綜合序列分析軟件DNAstar
四、分子生物學(xué)常用工具簡介
參考文獻(xiàn)
第六章分子進(jìn)化
第一節(jié)分子進(jìn)化基礎(chǔ)
一、構(gòu)建進(jìn)化樹的算法
二、進(jìn)化樹格式
三、進(jìn)化樹的圖形顯示
四、進(jìn)化軟件
第二節(jié)通過phylip構(gòu)建進(jìn)化樹
一、準(zhǔn)備
二、通過Clustal將Fasta格式的序列進(jìn)行比對(duì)并保存為phy格式
三、使用seqboot設(shè)置重復(fù)數(shù)量
四、通過似然法計(jì)算進(jìn)化樹
五、構(gòu)建一致樹
六、圖片制作
參考文獻(xiàn)
第七章生物信息學(xué)編程基礎(chǔ)
第一節(jié)Perl語言
一、CPAN
二、正則表達(dá)式
三、Bioperl的安裝
第二節(jié)統(tǒng)計(jì)語言
一、R語言
二、其他統(tǒng)計(jì)分析工具
參考文獻(xiàn)
附錄一生物信息學(xué)常用詞匯表一
附錄二生物信息學(xué)常用詞匯表二