豬功能基因研究

序
前言
1 豬重要經(jīng)濟性狀候選基因研究進展
1．1 繁殖性狀候選基因研究進展
1．1．1 雌激素受體基因
1．1．2 卵泡刺激素基因
1．1．3 促黃體素基因
1．1．4 骨形態(tài)發(fā)生蛋白基因
1．1．5 促性腺激素釋放激素及其受體基因
1．1．6 促紅細胞生成素受體
1．1．7 骨橋蛋白基因
1．1．8 谷胱甘肽硫轉移酶M2亞型基因
1．1．9 TGF-β1基因
1．1．10 催乳素受體基因
1．1．11 視黃醇結合蛋白4基因
1．1．12 視黃酸受體基因
1．1．13視黃素X受體基因
1．1．14 甲狀腺素運載蛋白基因
1．2 脂肪性狀候選基因研究進展
1．2．1 肝細胞核因子-4α基因
1．2．2 肝X受體基因
1．2．3 Krox20基因
1．2．4 脂蛋白脂肪酶基因
1．2．5 脂肪酸結合蛋白基因
1．2．6 肥胖基因
1．2．7 激素敏感脂肪酶基因
1．3 肉質性狀候選基因研究進展
1．3．1 腺苷一磷酸脫氨酶基因
1．3．2 腺苷琥珀酸裂解酶基因
1．3．3 氨基咪唑氨甲酰核苷酸轉甲?；福吸S嘌呤核苷酸環(huán)水解酶基因
1．3．4 谷氨酰胺磷酸核糖焦磷酸酰胺轉移酶基因
1．3．5 鈣蛋白酶基因
1．3．6 半胱氨酸蛋白酶抑制劑B基因
1．4 肌肉生長性狀候選基因研究進展
1．4．1 生肌調(diào)節(jié)因子家族
1．4．2 肌細胞增強因子2家族
1．4．3 肌肉生長抑制素基因
1．4．4 I型蘭尼定受體基因
1．5 抗逆性狀候選基因研究進展
1．5．1 抗黏液病毒基因
1．5．2 天然抗性巨噬蛋白l基因
1．5．3 唾液酸合成酶基因
1．5．4 Toll樣受體家族
1．5．5 冷誘導RNA結合蛋白基因
1．5．6 Y-box結合蛋白-1基因
1．6 體長性狀候選基因研究進展
1．6．1 多形性腺瘤基因
1．6．2 生殖細胞核因子
1．6．3 配體依賴的核受體輔阻遏物
2 豬基因克隆與序列分析
2．1 材料與方法
2．1．1 實驗動物組織樣
2．1．2 菌株和克隆載體
2．1．3 主要儀器設備
2．1．4 主要藥品和酶
2．1．5 緩沖液及主要溶液的配制
2．1．6 DNA的提取與檢測
2．1．7 組織總RNA的提取與檢測
2．1．8 引物設計與合成
2．1．9 cDNA克隆
2．1．10 基因組DNA克隆
2．1．11 主要分子生物學軟件及統(tǒng)計分析軟件
2．2 結果與分析
2．2．1 HNF-4α基因克隆與序列分析
2．2．2 LXRα基因克隆與序列分析
2．2．3 RXRα基因克隆與序列分析
2．2．4 MEF2A基因克隆及序列分析
2．2．5 CstB基因克隆與序列分析
2．2．6 RPS3基因克隆與序列分析
2．2．7 OPN基因克隆與序列分析
2．2．8 EPOR基因克隆與序列分析
2．2．9 GnRt丁及其受體基因克隆與序列分析
2．2．10 長白豬ADSL基因克隆與序列分析
2．2．11 長白豬PurH基因克隆與序列分析
2．2．12 民豬GPAT基因克隆與序列分析
2．2．13 民豬MyoG基因克隆與序列分析
2．2．14 SRPK1／3基因克隆與序列分析
2．2．15 BMP-6基因克隆與序列分析
2．2．16 IGFBP7基因克隆與序列分析
2．2．17 CIRP基因克隆與序列分析
2．2．18 PDZRN3基因克隆與序列分析
2．2．19 COX1基因克隆與序列分析
2．2．20 NANS基因克隆與序列分析
2．2．21 NLJMB基因克隆與序列分析
2．2．22 IgG重鏈基因克隆與序列分析
2．2．23 IRG6基因克隆與序列分析
2．2．24 OAS1基因克隆與序列分析
2．2．25 YB1基因克隆與序列分析
2．3 討論
2．3．1 關于取樣、RNA提取和反轉錄反應
2．3．2 cDNA克隆
2．3．3 基因組DNA部分片段克隆
3 豬基因表達規(guī)律研究
3．1 材料與方法
3．1．1 實驗動物組織樣
3．1．2 主要儀器設備
3．1．3 總RNA的提取與檢測
3．1．4 引物設計與合成
3．1．5 反轉錄反應
3．1．6 線性增長試驗
3．1．7 PCR擴增
3．1．8 瓊脂糖凝膠電泳檢測
3．1．9 競爭性RT-PCR
3．1．10 Real-time PCR反應
3．1．11 數(shù)據(jù)分析
3．2 結果與分析
3．2．1 RBP4基因的時空轉錄情況
3．2．2 RAR基因的時空轉錄情況
3．2．3 RXR基因的時空轉錄情況
3．2．4 TTR基因的時空轉錄情況
3．2．5 HNF-4α基因的轉錄情況
3．2．6 LXRa基因的時空轉錄情況
3．2．7 OPN基因的時空轉錄情況
3．2．8 MEf2基因的轉錄分析
3．2．9 EGR2及其調(diào)控相關基因的轉錄情況檢測
3．2．10 MC3及基因的轉錄分析
3．2．11 CstB基因的時空轉錄分析
3．2．12 LPL基因的時空轉錄分析
3．2．13 SRPK1／3基因的時空轉錄分析
3．2．14 BMP-6基因的定量檢測
3．2．15 IGFBP7基因的定量檢測
3．3 討論
3．3．1 相對定量RT-PCR分析
3．3．2 競爭勝RT-PCR分析
3．3．3 Real-time PCR分析
4 豬基因單核苷酸多態(tài)性分析
4．1 實驗方法
4．1．1 實驗動物組織樣
4．1．2 藥品和酶
4．1．3 主要儀器設備
4．1．4 基因組DNA的提取與檢測
4．1．5 引物設計與合成
4．1．6 PCR_SSCP檢測
4．1．7 基因多態(tài)性的統(tǒng)計方法
4．2 結果與分析
4．2．1 EGR2基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．2 HNF-4α基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．3 ADSL基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．4 PurH基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．5 GPAT基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．6 SRPK1／3基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．7 GSTM2基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．8 TGF-β1基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．9 BMP-6基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．10 GnRHR基因的單核苷酸多態(tài)性分析
4．2．11 TLR4基因的多態(tài)性分析
4．2．12 PLAG1基因多態(tài)性分析
4．2．13 NR6A1基因多態(tài)性分析
4．2．14 LCORL基因多態(tài)性分析
4．3 討論
4．3．1 基因組DNA提取
4．3．2 PCR-SSCP多態(tài)性分析
5 豬基因功能分析
5．1 實驗方法
5．1．1 緩沖液及主要試劑的配制
5．1．2 引物的設計與合成
5．1．3 細胞培養(yǎng)
5．1．4 RNA干擾
5．1．5 過量表達
5．1．6 熒光素酶活性測定
5．1．7 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
5．1．8 生物信息學分析
5．2 結果與分析
5．2．1 Krox20對脂肪細胞的影響
5．2．2 Smad3、GDF8和MyoD對豬骨骼肌衛(wèi)星細胞的影響及互作
5．2．3 民豬MyoG基因啟動子核心區(qū)定位
5．2．4 民豬CYP1A1基因啟動子核心區(qū)定位
5．2．5 民豬MC4R基因啟動子核心區(qū)定位
5．2．6 民豬FST基因啟動子核心區(qū)定位
5．3 討論
5．3．1 shRNA的設計與篩選
5．3．2 前體脂肪細胞體外培養(yǎng)
5．3．3 骨骼肌衛(wèi)星細胞培養(yǎng)及鑒定
5．3．4 轉染效率的影響因素
5．3．5 Krox20對豬前體脂肪細胞增殖和分化的影響_
5．3．6 Smad3、MyoD與GDF-8對豬骨骼肌衛(wèi)星細胞增殖的影響
5．3．7 Smad3、MyoD與GDF-8在骨骼肌衛(wèi)星細胞增殖過程中的調(diào)控網(wǎng)絡關系
5．3．8 MyoG基因啟動子區(qū)域生物信息學分析
5．3．9 MyoG基因啟動子活性分析
5．3．10 CYP1A1基因啟動子活性分析
5．3．11 MC4R基因啟動子活性分析
6 豬基因組織特異性表達分析
6．1 材料與方法
6．1．1 載體與菌株
6．1．2 MC4R特異表達載體的構建與表達
6．1．3 FST基因特異表達載體的構建與表達
6．2 結果與分析
6．2．1 MC4R基因特異表達載體的構建與表達
6．2．2 FST基因特異表達載體的構建與表達
6．3 討論
6．3．1 MC4R-P1／P2重組質粒的構建
6．3．2 FST-P1、FST-P2重組質粒的構建
6．3．3 FST-P3、FST-P4重組質粒的構建
6．3．4 Tet-On系統(tǒng)的優(yōu)點
6．3．5 瞬時轉染后細胞狀態(tài)的觀察
6．3．6 誘導表達基因的檢測
6．3．7 誘導MC4R基因對CMS系統(tǒng)的影響
6．3．8 FST與MyoD、MyoG、MSTN、GDF11之間的互作分析
7 高通量測序分析豬差異表達基因
7．1 材料與方法
7．1．1 實驗材料與測序
7．1．2 數(shù)據(jù)整理與分析
7．2 結果與分析
7．2．1 測序質量評估
7．2．2 clean tag拷貝數(shù)分布統(tǒng)計
7．2．3 clearn tag比對統(tǒng)計
7．2．4 差異表達基因及部分功能基因的表達
7．2．5 反義轉錄本與新轉錄本預測結果
7．2．6 GO功能顯著性富集分析
7．2．7 Pathway顯著性富集分析
7．2．8 測序飽和度分析
7．3 討論
7．3．1 高通量測序數(shù)據(jù)的初步分析
7．3．2 部分差顯基因或轉錄子的表達分析
7．3．3 GO和Pathway分析
參考文獻
附錄
附錄一 本研究中獲得的GenBank登錄號
附錄二 本研究涉及的學位論文
附錄三 差異倍數(shù)在2倍以上的上調(diào)差異基因
附錄四 差異倍數(shù)在2倍以上的下調(diào)差異基因
附錄五 彩色插圖
附錄六 本研究涉及的豬種
附錄七 參編人員