蛋白質(zhì)模擬：原理、發(fā)展和應(yīng)用

第一部分 分子動(dòng)力學(xué)模擬方法
第1章 分子動(dòng)力學(xué)模擬的原理、方法與進(jìn)展
1．1 引言
1．2 生物大分子的經(jīng)典力學(xué)模型與常見(jiàn)力場(chǎng)
1．2．1 經(jīng)典力學(xué)模型
1．2．2 常見(jiàn)分子力場(chǎng)
1．3 積分算法
1．3．1 體系的動(dòng)力學(xué)方程
1．3．2 動(dòng)力學(xué)方程的數(shù)值解法
1．4 周期性邊界條件
1．5 約束條件動(dòng)力學(xué)模擬
1．5．1 SHAKE算法
1．5．2 LINCS算法
1．6 非鍵相互作用
1．6．1 短程相互作用
1．6．2 MD模擬中長(zhǎng)程靜電相互作用的常用算法
1．7 恒溫恒壓分子動(dòng)力學(xué)模擬
1．7．1 溫度控制方法
1．7．2 壓力控制方法
1．8 溶劑模型
1．8．1 隱含溶劑模型
1．8．2 顯含溶劑模型
1．9 分子動(dòng)力學(xué)模擬的主要步驟
1．10 蛋白質(zhì)分子動(dòng)力學(xué)模擬的進(jìn)展與前景
參考文獻(xiàn)
第2章 拉伸分子動(dòng)力學(xué)模擬
2．1 引言
2．2 拉伸分子動(dòng)力學(xué)模擬方法
2．3 拉伸分子動(dòng)力學(xué)模擬實(shí)例
2．3．1 周質(zhì)結(jié)合蛋白與配體相互識(shí)別研究
2．3．2 抗癌多肽p28與腫瘤抑制蛋白p53的拉伸分子動(dòng)力學(xué)研究
參考文獻(xiàn)
第3章 膜蛋白體系的分子動(dòng)力學(xué)模擬
3．1 引言
3．2 膜蛋白分子動(dòng)力學(xué)模擬研究進(jìn)展
3．2．1 膜的性質(zhì)和脂質(zhì)分子的類(lèi)型
3．2．2 膜蛋白的性質(zhì)和類(lèi)型
3．2．3 分子動(dòng)力學(xué)模擬在膜研究方面的應(yīng)用
3．2．4 分子動(dòng)力學(xué)模擬在膜蛋白體系的應(yīng)用
3．3 膜蛋白體系分子動(dòng)力學(xué)模擬的基本方法和步驟
3．4 BtuC-POPC膜蛋白體系的分子動(dòng)力學(xué)模擬
3．4．1 研究背景
3．4．2 材料和方法
3．4．3 結(jié)果和討論
3．4．4 總結(jié)和展望
參考文獻(xiàn)
第4章 蛋白質(zhì)與DNA相互作用的分子動(dòng)力學(xué)模擬
4．1 引言
4．2 蛋白質(zhì)與DNA識(shí)別的結(jié)構(gòu)特征
4．2．1 DNA結(jié)合蛋白的結(jié)構(gòu)特征
4．2．2 蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物的作用位點(diǎn)特征
4．3 蛋白質(zhì)-DNA識(shí)別的研究方法
4．3．1 蛋白質(zhì)與DNA的相互作用模式
4．3．2 蛋白質(zhì)-DNA相互作用的實(shí)驗(yàn)方法
4．3．3 蛋白質(zhì)-DNA識(shí)別研究的分子模擬方法
4．4 HIV-1整合酶與病毒DNA識(shí)別的分子動(dòng)力學(xué)模擬
4．4．1 研究背景及意義
4．4．2 體系和方法
4．4．3 結(jié)果和討論
4．5 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
……
第二部分 蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
第三部分 用分子模擬方法研究蛋白質(zhì)折疊
第四部分 關(guān)于粗粒化模型
第五部分 關(guān)于長(zhǎng)程靜電相瓦作用
第六部分 藥物分子設(shè)計(jì)方法與應(yīng)用