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內(nèi)容簡介

　　《新生物學叢書蛋白質(zhì)模擬：原理、發(fā)展和應(yīng)用》對蛋白質(zhì)分子模擬領(lǐng)域的原理、發(fā)展和應(yīng)用，特別是對該領(lǐng)域的熱點和難點問題，結(jié)合實際進行了深入的討論。《新生物學叢書蛋白質(zhì)模擬：原理、發(fā)展和應(yīng)用》力求做到理論聯(lián)系實際，學術(shù)思想新穎，內(nèi)容主要包括分子動力學模擬方法、蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測、用分子模擬方法研究蛋白質(zhì)折疊、粗粒化模型、長程靜電相互作用，以及藥物分子設(shè)計方法與應(yīng)用?！缎律飳W叢書蛋白質(zhì)模擬：原理、發(fā)展和應(yīng)用》不僅適合于從事計算生物學、蛋白質(zhì)分子模擬和分子設(shè)計的專業(yè)技術(shù)人員，剛開始接觸生物分子模擬的人員學習參考，而且可供高等學校及科研院所的教師、研究人員和研究生參考，也可選為分子模擬和生物信息學、系統(tǒng)生物學等課程的指定教材和參考書。

作者簡介

　　王存新，1943年11月生，教授，博士生導(dǎo)師。1968年畢業(yè)于中國科學技術(shù)大學，1978～1998年在中國科大任教，1998年作為學術(shù)帶頭人調(diào)入北京工業(yè)大學工作。曾赴美國、法國、意大利從事合作研究多年。主要從事蛋白質(zhì)模擬和藥物設(shè)計研究。主持完成國家及省部級科研項目20余項，培養(yǎng)碩士、博士研究生50余人，在國內(nèi)外學術(shù)期刊上發(fā)表論文200余篇，出版專著2部、譯著1部，獲國家發(fā)明專利10余項。曾獲國家自然科學獎三等獎、中國科學院自然科學獎二等獎、國務(wù)院頒發(fā)的政府特殊津貼、北京市突出貢獻專家、北京市教學名師等多項獎勵和榮譽稱號。

圖書目錄

第一部分分子動力學模擬方法
第1章分子動力學模擬的原理、方法與進展
1．1 引言
1．2 生物大分子的經(jīng)典力學模型與常見力場
1．2．1 經(jīng)典力學模型
1．2．2 常見分子力場
1．3 積分算法
1．3．1 體系的動力學方程
1．3．2 動力學方程的數(shù)值解法
1．4 周期性邊界條件
1．5 約束條件動力學模擬
1．5．1 SHAKE算法
1．5．2 LINCS算法
1．6 非鍵相互作用
1．6．1 短程相互作用
1．6．2 MD模擬中長程靜電相互作用的常用算法
1．7 恒溫恒壓分子動力學模擬
1．7．1 溫度控制方法
1．7．2 壓力控制方法
1．8 溶劑模型
1．8．1 隱含溶劑模型
1．8．2 顯含溶劑模型
1．9 分子動力學模擬的主要步驟
1．10 蛋白質(zhì)分子動力學模擬的進展與前景
參考文獻
第2章拉伸分子動力學模擬
2．1 引言
2．2 拉伸分子動力學模擬方法
2．3 拉伸分子動力學模擬實例
2．3．1 周質(zhì)結(jié)合蛋白與配體相互識別研究
2．3．2 抗癌多肽p28與腫瘤抑制蛋白p53的拉伸分子動力學研究
參考文獻
第3章膜蛋白體系的分子動力學模擬
3．1 引言
3．2 膜蛋白分子動力學模擬研究進展
3．2．1 膜的性質(zhì)和脂質(zhì)分子的類型
3．2．2 膜蛋白的性質(zhì)和類型
3．2．3 分子動力學模擬在膜研究方面的應(yīng)用
3．2．4 分子動力學模擬在膜蛋白體系的應(yīng)用
3．3 膜蛋白體系分子動力學模擬的基本方法和步驟
3．4 BtuC-POPC膜蛋白體系的分子動力學模擬
3．4．1 研究背景
3．4．2 材料和方法
3．4．3 結(jié)果和討論
3．4．4 總結(jié)和展望
參考文獻
第4章蛋白質(zhì)與DNA相互作用的分子動力學模擬
4．1 引言
4．2 蛋白質(zhì)與DNA識別的結(jié)構(gòu)特征
4．2．1 DNA結(jié)合蛋白的結(jié)構(gòu)特征
4．2．2 蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物的作用位點特征
4．3 蛋白質(zhì)-DNA識別的研究方法
4．3．1 蛋白質(zhì)與DNA的相互作用模式
4．3．2 蛋白質(zhì)-DNA相互作用的實驗方法
4．3．3 蛋白質(zhì)-DNA識別研究的分子模擬方法
4．4 HIV-1整合酶與病毒DNA識別的分子動力學模擬
4．4．1 研究背景及意義
4．4．2 體系和方法
4．4．3 結(jié)果和討論
4．5 小結(jié)
參考文獻
……
第二部分蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測
第三部分用分子模擬方法研究蛋白質(zhì)折疊
第四部分關(guān)于粗粒化模型
第五部分關(guān)于長程靜電相瓦作用
第六部分藥物分子設(shè)計方法與應(yīng)用