ChemOffice 2008實用教程：化學結構繪圖、分子模擬、數據整合

第1章 ChemOffice基礎知識 1
1.1 什么是ChemOffice 1
1.2 發(fā)展歷史 1
1.3 應用領域 2
1.4 組件 2
1.4.1 ChemDraw 2
1.4.2 Chem3D 3
1.4.3 ChemFinder 4
1.5 新增功能 4
1.6 如何獲得幫助 5
1.7 安裝與啟動 5
1.7.1 系統配置要求 5
1.7.2 系統的安裝、啟動與退出 6
1.8 其他化學繪圖軟件 8
第2章 ChemDraw操作基礎 10
2.1 ChemDraw的工作環(huán)境 10
2.1.1 工作界面 10
2.1.2 標題欄 11
2.1.3 菜單欄 12
2.1.4 工具欄 13
2.1.5 圖形工具箱 14
2.1.6 編輯/繪圖區(qū) 15
2.2 文件基本操作 15
2.3 繪圖操作基礎 17
2.3.1 圖形基本操作 17
2.3.2 “Undo”和“Redo”命令 19
2.3.3 插入對象 19
2.4 自定義ChemDraw的工作界面 20
2.4.1 頁面參數的設置 20
2.4.2 文檔的設置 24
2.4.3 工具條的顯示與隱藏 28
第3章 利用ChemDraw繪制圖形 33
3.1 繪圖工具 33
3.1.1 鍵工具簡介 33
3.1.2 繪圖工具的使用 38
3.1.3 繪圖實例 39
3.2 文本的操作 40
3.2.1 文本的輸入 40
3.2.2 文本的編輯 41
3.2.3 原子標記 42
3.3 繪制箭頭、弧及其他圖形 45
3.4 繪制結構式 48
3.4.1 繪制普通化學結構式 48
3.4.2 繪制反應中間體 50
3.4.3 繪制復雜環(huán)結構 52
3.4.4 繪制Fischer投影式 54
3.4.5 繪制透視圖 55
3.4.6 繪制Newman投影式 57
3.4.7 繪制立體化學結構式 59
3.5 繪制反應式 60
3.5.1 繪制反應方程式 60
3.5.2 繪制反應歷程 67
3.6 軌道和化學符號 69
3.6.1 軌道工具簡介 69
3.6.2 軌道工具繪圖實例 69
3.6.3 化學符號工具簡介 71
3.7 繪制生物分子 73
3.7.1 生物分子模板工具簡介 74
3.7.2 繪制DNA/RNA分子圖像 74
3.7.3 繪制β-麥芽糖酶（β-Maltose）結構 75
3.7.4 繪制DNA雙螺旋結構 76
3.8 繪制簡單的反應設備 79
3.9 繪制TLC圖形 81
3.10 化學查詢工具 82
3.10.1 化學查詢工具簡介 82
3.10.2 化學查詢工具的使用 83
3.11 高級繪圖技巧 85
3.11.1 結構展開與調整 85
3.11.2 名稱與結構之間的轉化 87
3.11.3 俗名的使用 87
3.11.4 多中心結構與多連接標記 89
3.11.5 圖形顏色調整 90
3.11.6 獲取結構式的3D圖形 91
3.12 綜合實例 92
3.12.1 苯親電取代反應進程－位能變化曲線圖的繪制 92
3.12.2 立體化學反應歷程的繪制 95
第4章 ChemDraw的擴展功能 99
4.1 顯示分析信息 99
4.2 顯示物理性質 101
4.3 顯示元素周期表 102
4.4 預測NMR譜 103
4.4.1 1H-NMR譜預測 104
4.4.2 13C-NMR譜預測 105
4.5 結構式與命名互相轉換 106
4.5.1 由結構式給出IUPAC標準命名 107
4.5.2 由IUPAC標準命名給出結構式 107
4.6 ChemDraw與Word及Chem3D關聯 109
4.6.1 ChemDraw與Word關聯 109
4.6.2 ChemDraw與Chem3D關聯 110
4.7 ChenDraw的在線工具 111
4.7.1 在線查找 111
4.7.2 在線瀏覽 113
4.7.3 在線注冊 113
第5章 Chem3D操作基礎 114
5.1 Chem3D的工作環(huán)境 114
5.1.1 工作界面 114
5.1.2 標題欄 115
5.1.3 菜單欄 115
5.1.4 工具欄 125
5.1.5 3D圖形顯示區(qū) 126
5.1.6 消息顯示窗口 126
5.1.7 動畫工具欄 127
5.2 文件基本操作 127
5.3 圖形基本操作 128
5.4 自定義Chem3D的工作界面 129
5.4.1 頁面參數設置 129
5.4.2 文檔的設置 132
5.4.3 工具條的顯示與隱藏 135
第6章 Chem3D模型的建立及操作 136
6.1 3D模型的建立 136
6.1.1 從已有文件中導入 136
6.1.2 從ChemDraw中導入 137
6.1.3 使用鍵工具繪制 139
6.1.4 使用文本工具繪制 143
6.1.5 使用繪圖模板繪制 145
6.2 對模型的操作 149
6.2.1 平移及旋轉 150
6.2.2 軸的顯示及隱藏 153
6.2.3 模型的放大及縮小 153
6.2.4 顯示原子符號、編號及背景顏色 153
6.2.5 模型顯示模式 155
6.3 利用Chem3D進行分析 155
6.3.1 相關數據的顯示 156
6.3.2 結構調整 159
6.4 2D圖形與3D圖形的轉換 159
6.4.1 2D圖形與3D圖形之間的立體關系 159
6.4.2 2D圖形轉化為3D圖形 160
6.4.3 3D圖形轉化為2D圖形 161
第7章 化學計算 163
7.1 MM2計算 164
7.1.1 能量最低計算 164
7.1.2 分子動力學計算 165
7.2 GAMESS計算 168
7.2.1 Minimize Energy計算 169
7.2.2 Optimize to Transition State計算 170
7.2.3 Compute Properties計算 171
7.2.4 Run Frequency計算 173
7.2.5 預測IR/Raman光譜 176
7.2.6 預測NMR 譜 178
7.3 Gaussian計算 179
7.4 Jaguar計算 179
7.5 MMFF94計算 180
7.5.1 原子類型和電荷 180
7.5.2 最小能量計算 180
7.5.3 勢能計算 182
7.6 MOPAC計算 182
7.6.1 Minimize (Energy/Geometry)計算 183
7.6.2 Optimize to Transition State計算 184
7.6.3 Compute Properties計算 187
7.6.4 預測光譜 190
第8章 Chem3D綜合實例 192
8.1 實例一：預測紅外光譜 192
8.2 實例二：預測核磁共振譜 197
8.3 實例三：計算過渡態(tài)能量 200
第9章 ChemFinder操作基礎 203
9.1 ChemFinder的工作環(huán)境 204
9.1.1 對窗體和數據庫的理解 204
9.1.2 使用ChemFinder數據庫 205
9.1.3 工作界面 205
9.1.4 工具欄 207
9.1.5 狀態(tài)欄 208
9.2 窗體 209
9.2.1 創(chuàng)建及保存窗體 209
9.2.2 編輯窗體 211
9.2.3 窗體安全性 216
9.3 數據庫 219
9.3.1 創(chuàng)建數據庫 219
9.3.2 打開數據庫 227
9.3.3 數據庫檢索 230
9.4 創(chuàng)建個性化的數據庫 250
9.4.1 在窗體中關聯已有數據庫 250
9.4.2 增加記錄 253
9.4.3 BioViz組件 258
9.4.4 設置子窗體 271
9.4.5 化合物剖面圖 275