計算生物學導論：圖譜，序列和基因組

《生物數(shù)學叢書》序
前言
數(shù)學符號
第0章 引言
0.1 分子生物學
0.2 數(shù)學，統(tǒng)計和計算機科學
第1章 分子生物學一些知識
1.1 DNA和蛋白
1.1.1 雙螺旋結構
1.2 中心定理
1.3 遺傳密碼
1.4 轉化RNA和蛋白序列
1.5 基因不簡單
1.5.1 開始與停止
1.5.2 基因表達的控制
1.5.3 割裂基因
1.5.4 跳躍基因
1.6 生物化學
問題
第2章 限制圖譜
2.1 引言
2.2 圖
2.3 區(qū)間圖
2.4 片段大小的度量
問題
第3章 多重圖譜
3.1 雙消化問題
3.1.1 雙消化問題的多重解
3.2 多重解分類
3.2.1 反射性
3.2.2 重疊等價
3.2.3 重疊尺寸等價
3.2.4 更多的圖論知識
3.2.5 從一條路到另一條路
3.2.6 限制圖譜及邊界塊圖
3.2.7 限制圖譜的盒變換
3.2.8 一個例子
問題
第4章 求解DDP的算法
4.1 算法和復雜性
4.2 DDP是NP完全的
4.3 解DDP的方法
4.3.1 整數(shù)規(guī)劃
4.3.2 劃分問題
4.3.3 TSP
4.4 模擬退火法：TSP和DDP
4.4.1 模擬退火法
4.4.2 TSP
4.4.3 DDP
4.4.4 環(huán)狀圖譜
4.5 用真實數(shù)據(jù)作圖
4.5.1 使數(shù)據(jù)符合圖
4.5.2 圖譜算法
問題
第5章 克隆與克隆文庫
5.1 有限的隨機克隆數(shù)
5.2 完全消化的文庫
5.3 部分消化的文庫
5.3.1 可克隆基的組分
5.3.2 采樣、方法
5.3.3 設計部分消化文庫
5.3.4 Poisson近似
5.3.5 獲得所有片段
5.3.6 最大表達度
5.4 每個微生物中的基因組
問題
第6章 物理基因組圖譜：海洋、島嶼和錨
6.1 用指紋制作圖譜
6.1.1 海洋和島嶼
6.1.2 分小與控制
6.1.3 兩個先驅實驗
6.1.4 啤酒酵母
6.1.5 大腸桿菌
6.1.6 計算指紋模式
6.2 用錨制作圖譜
6.2.1 海洋、島和錨
6.2.2 克隆與錨的對偶性
6.3 克隆重疊的概述
6.4 綜合
問題
第7章 序列裝配
7.1 鳥槍測序法
7.1.1 SSP是NP完全的
7.1.2 貪婪算法的解至多是4倍最優(yōu)解
7.1.3 實踐中的裝配
7.1.4 序列精度
7.1.5 預期的進展
7.2 用雜交法測序
7.2.1 其他SBH設計
7.3 重訪鳥槍測序法
問題
第8章 數(shù)據(jù)庫和快速序列裝配
8.1 DNA和蛋白序列數(shù)據(jù)庫
8.1.1 序列數(shù)據(jù)庫文件中條款的描述
8.1.2 簡單序列數(shù)據(jù)文件
8.1.3 統(tǒng)計小結
8.2 序列的樹表現(xiàn)
8.3 序列的切細
8.3.1 切細表
8.3.2 用線性時間切細
8.3.3 切細和鏈接
8.4 序列中的重復
8.5 用切細進行序列比較
8.6 至多有f個失配的序列比較
8.7 用統(tǒng)計量進行序列比較
問題
第9章 動態(tài)規(guī)劃、兩個序列比對
9.1 比對的個數(shù)
9.2 網(wǎng)絡中最短和最長路
9.3 全局距離比對
9.3.1 插入刪除函數(shù)
9.3.2 依賴距離的權重
9.4 全局相似比對
9.5 將一個序列吻合另一個序列
9.6 局部比對和叢
9.6.1 自身比較
9.6.2 銜接重復
9.7 線性空間算法
9.8 回溯
9.9 倒位
9.1 0圖譜比對
9.1 1參數(shù)序列比較
9.1 1.1 一維參數(shù)集合
9.1 1.2 進入二維
問題
第10章 多重序列比對
10.1 囊性纖維化基因
10.2 r維的動態(tài)規(guī)劃
10.2.1 減小容積
10.3 加權平均序列
10.3.1 比對的比對
10.3.2 序列的重心
10.4 輪廓分析
10.4.1 統(tǒng)計意義
10.5 通過隱Markov模型比對
……
第11章 序列比對用到的概率和統(tǒng)計
第12章 有關序列模式的概率與統(tǒng)計
第13章 RNA二級結構
第14章 樹和序列
第15章 來源與展望
參考文獻
附錄問題解答和提示
索引