DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具

前言
第1章 序列比對(duì)工具BLAST和ClustalX的使用
1.1 序列比對(duì)BLAST
1.1.1 網(wǎng)上運(yùn)行BLAST
1.1.2 本地運(yùn)行BLAST（Windows系統(tǒng)）
1.2 多序列比對(duì)（ClustalX）
1.2.1 ClustalX的使用
1.2.2 數(shù)據(jù)的輸入
1.2.3 數(shù)據(jù)的輸出
主要參考文獻(xiàn)
第2章 真核生物基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析
2.1 基因可讀框的識(shí)別
2.2 CpG島、轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)和啟動(dòng)子區(qū)域的預(yù)測(cè)分析
2.2.1 CpG島的預(yù)測(cè)分析
2.2.2 轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)的預(yù)測(cè)分析
2.2.3 啟動(dòng)子區(qū)域的預(yù)測(cè)分析
2.3 采用.mR_NA序列預(yù)測(cè)基因Spidey的使用
2.4 ASTD數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介
主要參考文獻(xiàn)
第3章 電子克隆
3.1 利用UniGene數(shù)據(jù)庫進(jìn)行電子延伸
3.1.1 目標(biāo)序列的blastn檢索
3.1.2 UniGene數(shù)據(jù)庫檢索
3.1.3 下載UniGene Cluster中所有EsT序列
3.2 從數(shù)據(jù)庫中獲取cDNA全長(zhǎng)序列
3.3 本地序列拼接
3.3.1 CAP3序列拼接程序
3.3.2 Velvet序列拼接程序
3.4 基因的電子表達(dá)譜分析
3.5 核酸序列的電子基因定位分析
主要參考文獻(xiàn)
第4章 分子進(jìn)化遺傳分析工具（MEGA 4）的使用
4.1 序列數(shù)據(jù)的獲取和比對(duì)
4.1.1 數(shù)據(jù)庫直接檢索
4.1.2 BLAST比對(duì)
4.2 遺傳距離的估計(jì)
4.3 分子鐘假說的檢驗(yàn)
4.4 多序列比對(duì)結(jié)果文件格式轉(zhuǎn)換
4.5 系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
4.5.1 進(jìn)化樹構(gòu)建方法選擇
4.5.2 進(jìn)化樹的樹形選擇
4.5.3 進(jìn)化樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)調(diào)整
4.5.4 進(jìn)化樹樹枝形態(tài)的優(yōu)化
4.5.5 進(jìn)化樹的保存
主要參考文獻(xiàn)
第5章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè)
5.1 蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)分析
5.1.1 蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析
5.1.2 蛋白質(zhì)親疏水性分析
5.1.3 跨膜區(qū)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
5.1.4 卷曲螺旋預(yù)測(cè)
5.2 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
5.2.1 PredictProtein
5.2.2 PSIPRED
5.3 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域與功能分析
5.3.1 Pfam（protein families database of alignment and HMM）
5.3.2 PROSITE
5.3.3 BLOCKS
5.3.4 SMART
5.4 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)分析
5.4.1 同源建模（homology modeling）
5.4.2 線串法（threading）
5.4.3 從頭預(yù)測(cè)（ab initio prediction）
5.4.4 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)觀察
主要參考文獻(xiàn)
第6章 Gene Ont0Iogy數(shù)據(jù)庫和KEGG數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介
6.1 Gene Ont010gy數(shù)據(jù)庫
6.1.1 簡(jiǎn)介
6.1.2 用關(guān)鍵詞檢索GO數(shù)據(jù)庫
6.1.3 用序列檢索GO數(shù)據(jù)庫
6.2 KEGG數(shù)據(jù)庫
6.2.1 簡(jiǎn)介
6.2.2 根據(jù)代謝途徑名稱檢索
6.2.3 根據(jù)基因名稱檢索
6.2.4 根據(jù)序列檢索
主要參考文獻(xiàn)
第7章 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析
7.1 生物質(zhì)譜技術(shù)介紹
7.1.1 質(zhì)譜技術(shù)的基本原理
7.1.2 X！Tandem軟件
7.1.3 Mascot軟件
7.2 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析軟件
7.2.1 TPP簡(jiǎn)介
7.2.2 TPP的安裝與配置
7.2.3 樣本數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
7.2.4 將RAW文件轉(zhuǎn)換成mzXML文件
7.2.5 由hmfl文件生成pepXML文件
7.2.6 運(yùn)行PeptideProphet
7.2.7 運(yùn)行ProteinProphet
7.2.8 數(shù)據(jù)的過濾篩選和將結(jié)果保存成Excel文件
主要參考文獻(xiàn)
第8章 基因芯片數(shù)據(jù)處理和分析
8.1 芯片數(shù)據(jù)的獲取和處理
8.1.1 芯片數(shù)據(jù)的格式轉(zhuǎn)換
8.1.2 數(shù)據(jù)基本處理
8.2 芯片數(shù)據(jù)的檢索和提交
8.2.1 芯片數(shù)據(jù)的文件格式
8.2.2 芯片數(shù)據(jù)的提交
8.3 芯片數(shù)據(jù)的可視化
8.3.1 GenMAPP的概念
8.3.2 GenMAPP的安裝
8.3.3 GenMAPP的使用
8.4 芯片數(shù)據(jù)聚類分析
8.4.1 CLUSTER
8.4.2 TreeView
主要參考文獻(xiàn)
第9章 系統(tǒng)生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析
9.1 Cytoscape軟件簡(jiǎn)介
9.1.1 概況
9.1.2 主要功能
9.2 軟件安裝
9.3 Cytoscape基本操作
9.3.1 信息輸入
9.3.2 插件安裝
9.4 應(yīng)用Cytoscape進(jìn)行基因注釋
9.4.1 BINGO插件的安裝
9.4.2 使用實(shí)例
9.5 應(yīng)用Cytoscape進(jìn)行細(xì)胞定位
9.5.1 Cerebral插件的安裝
9.5.2 使用實(shí)例
9.6 應(yīng)用Cytoscape搜索基因相互作用文獻(xiàn)
9.6.1 Agilent Literature Search插件安裝
9.6.2 使用實(shí)例
9.7 應(yīng)用Cytoscape做網(wǎng)絡(luò)分析
9.7.1 將BOND網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫的信息輸入Cytoscape
9.7.2 網(wǎng)絡(luò)分析
主要參考文獻(xiàn)
英漢對(duì)照詞匯
索引
彩圖