調(diào)控基因組：發(fā)育與演化中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（導(dǎo)讀版）

前言
第一章 動物發(fā)育中的“調(diào)控基因組”
基本構(gòu)架
DNA編碼的調(diào)控裝置
基因組、基因與基因組中的“間隔”
調(diào)控結(jié)構(gòu)概述
基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
發(fā)育中的調(diào)控需求
發(fā)育特化中調(diào)控信息的解讀與產(chǎn)生
基因表達的空間特異性
從區(qū)域特化到終末分化
演化、發(fā)育與調(diào)控基因組
第二章 順式調(diào)控模塊。調(diào)控邏輯的結(jié)構(gòu)／功能基礎(chǔ)
通用性規(guī)則
基因組順式調(diào)控單位的基本特征--模塊化
順式調(diào)控模塊內(nèi)部的邏輯加工與輸入／輸出關(guān)系
順式調(diào)控邏輯處理器：實例
靶位點結(jié)合率與轉(zhuǎn)錄輸出
順式調(diào)控邏輯編碼的聯(lián)合性
順式調(diào)控設(shè)計
空間輸入信息在順式調(diào)控水平的整合
抑制性調(diào)控與順式調(diào)控設(shè)計的多樣性
順式調(diào)控設(shè)計與發(fā)育中空間表達復(fù)雜性的產(chǎn)生
由相隔較遠的順式調(diào)控元件之間序列特異性相互作用產(chǎn)生的調(diào)控
發(fā)育與BTA的特異性
序列特異性的，基因內(nèi)和基因間的染色體環(huán)化的調(diào)控功能
第三章 發(fā)育是一個調(diào)控狀態(tài)特化的過程
原腸胚之前的發(fā)育過程
胚胎發(fā)生的單向性
體軸極性的母源性各向異性與外源因子誘導(dǎo)
空間調(diào)控的復(fù)雜性與卵裂球間的信號傳遞
區(qū)域化
胚胎發(fā)育與其背后的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的比較研究
1型胚胎較簡單的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
更復(fù)雜的胚胎發(fā)育形式
成體結(jié)構(gòu)建成中的調(diào)控狀態(tài)與網(wǎng)絡(luò)線路
胚后發(fā)育過程的步驟
前體域的概念
前體域調(diào)控狀態(tài)的再分
軀體構(gòu)型的發(fā)育與生物演化
第四章 發(fā)育中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：它們是什么，如何工作以及它們意味著什么
發(fā)育基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的一般性結(jié)構(gòu)特征
網(wǎng)絡(luò)的基本結(jié)構(gòu)
從不同層次看基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：從支路到流程圖
網(wǎng)絡(luò)組件的質(zhì)的多樣性
擴展
胚胎發(fā)育中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
海膽的內(nèi)中胚層調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
爪蟾胚胎中胚層特化中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
果蠅胚胎背腹軸區(qū)域特化中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
成體結(jié)構(gòu)建成的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控
胰腺8細胞特化的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
線蟲味覺神經(jīng)元終末分化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中由小RNA介導(dǎo)的細胞命運排除
結(jié)論
第五章 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：動物演化的因果性與多樣性之根源
基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)與功能對于演化的啟示
基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)件與演化變異的性質(zhì)
基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的改變可以引起林奈分類系統(tǒng)中不同層次的演化后果
兩側(cè)對稱動物基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的核心單元，預(yù)測的與實際的情形
說明與一點提醒
兩側(cè)對稱動物神經(jīng)系統(tǒng)的區(qū)域特化
兩側(cè)對稱動物的消化道
兩側(cè)對稱動物心臟前體域特化過程中可能存在一個共有的調(diào)控核心
核心單元的分布
兩側(cè)對稱動物軀體構(gòu)型的種系內(nèi)演化：hox基因作為可變的網(wǎng)絡(luò)輸入／輸出開關(guān)
hox基因表達的多種功能性后果
幾個例子：區(qū)域性抑制與圖式化信息的輸出及軀體結(jié)構(gòu)多樣性的演化
hox基因次級網(wǎng)絡(luò)與空間演化
后生動物的起源與核心元出現(xiàn)之前的基因網(wǎng)絡(luò)
按時間解析兩側(cè)對稱動物的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
結(jié)論與回顧：動物發(fā)育與演化的原理
參考文獻
圖版出處
索引