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內(nèi)容簡介

　　本手冊以基因表達(dá)序列標(biāo)簽（ExpressedSequenceTag，EST）的處理分析流程為主線，結(jié)合大量實(shí)例，以“跟我學(xué)”的方式較為系統(tǒng)地介紹了EST測序，EST數(shù)據(jù)分析平臺(tái)的構(gòu)建，EST的文獻(xiàn)檢索和數(shù)據(jù)庫查詢，EST序列的聚類組裝，EST的功能分類、代謝途徑及基因產(chǎn)物的詮釋等方面所涉及的方法和常用軟件。此外，還介紹了如何利用大量的網(wǎng)上和專業(yè)軟件來從基因和蛋白質(zhì)水平分析基因及其蛋白質(zhì)產(chǎn)物的基本特性和功能。從核苷酸水平介紹了開放閱讀框?qū)ふ?、基因功能預(yù)測、基因結(jié)構(gòu)分析、選擇性剪切分析、基因多態(tài)性位點(diǎn)分析、基因表達(dá)調(diào)控區(qū)域分析、序列GC含量和密碼子使用偏性統(tǒng)計(jì)，以及酶切位點(diǎn)和引物設(shè)計(jì)等內(nèi)容。從氨基酸水平介紹了理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)域、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)和系統(tǒng)進(jìn)化等方面的分析。

作者簡介

暫缺《基因表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）數(shù)據(jù)分析手冊》作者簡介

圖書目錄

目錄
第 1 章表達(dá)序列標(biāo)簽 (EST) 及其應(yīng)用

1.1 簡介
1.2 EST 的應(yīng)用
1.3 EST 測序分析流程
1.4 參考文獻(xiàn)
第 2 章 EST 數(shù)據(jù)分析平臺(tái)的構(gòu)建
2.1 簡介
2.2 硬件設(shè)備
2.3 Unix/Linux 操作系統(tǒng)及其常用命令
2.4 常用 EST 數(shù)據(jù)分析軟件的安裝
2.5 參考文獻(xiàn)
第 3 章 EST 信息檢索及常用數(shù)據(jù)庫
3.1 簡介
3.2 中文文獻(xiàn)檢索
3.3 外文文獻(xiàn)檢索
3.4 文獻(xiàn)管理
3.5 EST 數(shù)據(jù)庫
3.6 參考文獻(xiàn)
第 4 章 EST 聚類，常見問題及解決方法
4.1 簡介
4.2 EST 序列聚類方法
4.3 EST 聚類中常見的問題及解決方法
4.4 參考文獻(xiàn)
第 5 章 EST 數(shù)據(jù)注釋及多序列聯(lián)配
5.1 簡介
5.2 序列比對(duì)（ BLAST ）
5.3 Interpro
5.4 多序列比對(duì)（ Clustal W ）
5.5 參考文獻(xiàn)
第 6 章 EST 功能分類與代謝途徑分析
6.1 簡介
6.2 EST 功能分類
6.3 EST 代謝途徑分析
6.4 EST 對(duì)應(yīng)基因產(chǎn)物系統(tǒng)分析
6.5 參考文獻(xiàn)
第 7 章基因核苷酸序列分析
7.1 簡介
7.2 基因開放閱讀框的識(shí)別
7.3 內(nèi)含子 / 外顯子剪切位點(diǎn)識(shí)別
7.4 基因調(diào)控區(qū)域分析
7.5 密碼子使用偏性分析
7.6 限制性核酸內(nèi)切酶位點(diǎn)分析
7.7 核苷酸序列綜合分析軟件
7.8 參考文獻(xiàn)
第 8 章基因蛋白質(zhì)序列分析
8.1 簡介
8.2 蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析
8.3 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測
8.4 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域
8.5 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
8.6 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
8.7 參考文獻(xiàn)