計算分子生物學：算法逼近

1 計算基因搜尋
1.1 引言
1.2 遺傳作圖
1.3 物理作圖
1.4 測序
1.5 相似性搜尋
1.6 基因預測
1.7 突變分析
1.8 比較基因組
1.9 蛋白質組學
2 限制酶切作圖
2.1 引言
2.2 雙酶切問題
2.3 雙酶切問題的多重解
2.4 著色圖中的交錯圈
2.5 交錯歐拉圈的變換
2.6 物理圖譜與交錯歐拉圈
2.7 部分酶切的問題
2.8 同交效集
2.9 若干其他的問題和方法

第3章 圖譜裝配
3.1 引言
3.2 非惟一探針的作圖
3.3 惟一探針的作圖
3.4 區(qū)間圖
3.5 用限制酶切片段指紋圖譜作圖
3.6 若干其他的問題和方法

4 測序
4.1 引言
4.2 重疊、排列和共有序列
4.3 雙管鳥槍測序
4.4 若干其他的問題和方法

5 DNA陣列
5.1 引言
5.2 雜交測序
5.3 SBH和最短超字符串問題
5.4 SBH和歐拉路問題
5.5 惟一序列重構的概率
5.6 字符串重排
5.7 2-最優(yōu)歐拉圈
5.8 雜交法定位測序
5.9 DNA陣列的設計
5.10 DNA陣列的分辨率
5.11 多探針陣列與均勻陣列的比較
5.12 DNA陣列的制造
5.13 若干其他問題和方法

6 序列比較
6.1 引言
6.2 最長共同子序列問題
6.3 序列聯(lián)配
6.4 局部序列聯(lián)配
6.5 有缺口罰分的聯(lián)配
6.6 空間效率高的序列聯(lián)配
6.7 楊氏表
6.8 最長區(qū)同子序列的平均長度
6.9 廣義序列聯(lián)配和對偶性
6.10 序列比較的原始對偶方法
6.11 序列聯(lián)配和整數(shù)規(guī)劃
6.12 近似字符串匹配
6.13 依靠數(shù)據庫的序列比較
6.14 多重過濾
6.15 若干其他的問題和方法

7 多重聯(lián)配
7.1 引言
7.2 計算多重聯(lián)配的得分
7.3 裝配成對聯(lián)配
7.4 多重聯(lián)配的近似算法
7.5 裝配ι-路聯(lián)配
7.6 點陣和圖像重構
7.7 點陣相乖的多重聯(lián)配
7.8 若干其他的問題和方法

8 發(fā)現(xiàn)DNA中的信號
8.1 引言
8.2 Eegar Allan Poe 和DNA語言學
8.3 適合傻子的最好的賭博
8.4 Conway等式
8.5 DNA中的頻繁詞
8.6 共有詞的分析
8.7 CG島和“公平賭場”
8.8 隱馬氏模型
8.9 Elkhorn賭場和隱馬氏模型參數(shù)估計
8.10 剖面隱馬氏模型聯(lián)配
8.11 吉布斯抽樣
8.12 若干其他的問題和方法
9 基因預測
9.1 引言
9.2 基因預測的統(tǒng)計學方法
9.3 基于相似性的基因預測方法
9.4 剪接聯(lián)配
9.5 反向基因搜索和cDNA中外顯子定位
9.6 關于基因的多次提問策略
9.7 可變剪接與癌癥
9.8 若干其他的問題和方法

10 基因組重排
10.1 引言
10.2 斷點圖
10.3 難以排序的排列
10.4 期望的反序距離
10.5 有符號排列
10.6 交叉圖和障礙
10.7 排列和等價變換
10.8 搜索安全反序
10.9 清除障礙
10.10 反序距離的對偶定理
10.11 反序排序算法
10.12 人基因組變換成老鼠基因組
10.13 加帽染色體
10.14 帽子和尾部
10.15 基因組距離的對偶定理
10.16 基因組重復
10.17 若干其他的問題和方法
11 計算蛋白質組學
11.1 引言
11.2 肽測序問題
11.3 譜圖
11.4 學習離子類型
11.5 給譜圖中的路徑打分
11.6 肽測序與反對稱路徑
11.7 肽鑒定問題
11.8 譜的卷積
11.9 譜聯(lián)配
11.10 依靠譜聯(lián)配肽
11.11 若干其他的問題和方法
12 問題
12.1 引言
12.2 限制酶切作圖
12.3 圖譜裝配
12.4 測序
12.5 DNA陣列
12.6 序列比較
12.7 多重聯(lián)配
12.8 探測DNA中的信號
12.9 基因預測
12.10 基因組組重排
12.11 計算蛋白質組學
13 必須了解的分子生物學